病毒進(jìn)化的速度
關(guān)于此項(xiàng)研究一個重要問題就是病毒的進(jìn)化速度是否是恒定的。最近兩個丹麥的科學(xué)家提出了一些有價值的觀點(diǎn)。
關(guān)于病毒的進(jìn)化,有一種假說認(rèn)為其以恒定的速度進(jìn)行,叫做分子鐘。這個種具有內(nèi)在的速度,不受外界壓力改變。因此,可以根據(jù)病毒基因序列的變化程度,推算出其起源。
而對病毒基因序列統(tǒng)計(jì)學(xué)上的分析卻表明,病毒的突變率隨著選擇性壓力的改變而變化。Schierup and Hein對此做出了解釋,病毒突變率的改變是忽略了病毒重組而造成的假象。
作者用計(jì)算機(jī)模擬了一個1kb的病毒序列的進(jìn)化。對其模擬計(jì)算發(fā)現(xiàn)在重組率很少的進(jìn)化分支上,分子鐘模型成立,而另一個分子鐘模型不成立的分支中重組率相當(dāng)高,在去除了重組率的影響后,分子鐘模型依然成立。
以前根據(jù)多態(tài)性分析,HIV1起源于1959年,現(xiàn)在看來關(guān)于重組率的考慮必須被計(jì)算在內(nèi)了。
相關(guān)文章:
ORIGINAL RESEARCH PAPER
Schierup , M. H. & Hein, J. Recombination and the molecular clock. Mol. Biol. Evol. 17,1578–1579 (2000) [Contents page] PubMed
FURTHER READING
Huelsenbeck , J. P. &
Rannala, B. Phylogenetic methods come of age: Testing hypotheses in a
phylogenetic context. Science 276, 227 –232 (1997) PubMed
Schierup, M. H. & Hein, J. Consequences of recombination on traditional phylogenetic analysis.
Genetics 156, 879–891 (2000) [ Abstract] PubMed, 百拇醫(yī)藥
關(guān)于病毒的進(jìn)化,有一種假說認(rèn)為其以恒定的速度進(jìn)行,叫做分子鐘。這個種具有內(nèi)在的速度,不受外界壓力改變。因此,可以根據(jù)病毒基因序列的變化程度,推算出其起源。
而對病毒基因序列統(tǒng)計(jì)學(xué)上的分析卻表明,病毒的突變率隨著選擇性壓力的改變而變化。Schierup and Hein對此做出了解釋,病毒突變率的改變是忽略了病毒重組而造成的假象。
作者用計(jì)算機(jī)模擬了一個1kb的病毒序列的進(jìn)化。對其模擬計(jì)算發(fā)現(xiàn)在重組率很少的進(jìn)化分支上,分子鐘模型成立,而另一個分子鐘模型不成立的分支中重組率相當(dāng)高,在去除了重組率的影響后,分子鐘模型依然成立。
以前根據(jù)多態(tài)性分析,HIV1起源于1959年,現(xiàn)在看來關(guān)于重組率的考慮必須被計(jì)算在內(nèi)了。
相關(guān)文章:
ORIGINAL RESEARCH PAPER
Schierup , M. H. & Hein, J. Recombination and the molecular clock. Mol. Biol. Evol. 17,1578–1579 (2000) [Contents page] PubMed
FURTHER READING
Huelsenbeck , J. P. &
Rannala, B. Phylogenetic methods come of age: Testing hypotheses in a
phylogenetic context. Science 276, 227 –232 (1997) PubMed
Schierup, M. H. & Hein, J. Consequences of recombination on traditional phylogenetic analysis.
Genetics 156, 879–891 (2000) [ Abstract] PubMed, 百拇醫(yī)藥
百拇醫(yī)藥網(wǎng) http://www.www.srpcoatings.com/Html/Info/News/67/06750.htm