天然藥物抗金黃色葡萄球菌的藥效團模型的構(gòu)建及驗證
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2007年3月5日
作者：姜鳳超(武漢)摘要：本課題的主要目的是研究分析抗金黃色葡萄球菌藥物的結(jié)構(gòu)作用.通過計算機輔助設(shè)計建立抗金黃色葡萄球菌的藥效團模型的構(gòu)建.初步完成得到結(jié)果，對以后臨床應用和新藥研發(fā)提供一定依據(jù).。
關(guān)鍵字：金黃色葡萄球菌
金黃色葡萄球菌為一種廣泛的致病菌，它引起的感染已成為發(fā)病和致死的主要原因。金黃色葡萄球菌引起的感染常常累及皮膚，包括癤、蜂窩組織炎、膿包病、各種部位的術(shù)后感染。該菌引起的較嚴重感染包括菌血癥、肺炎、骨髓炎、急性心內(nèi)膜炎、心肌炎、心包炎、大腦炎、腦膜炎、鱗狀皮膚綜合征以及肌肉、尿道、中樞神經(jīng)系統(tǒng)、各種腹腔內(nèi)器官的膿腫。食物中毒常因其腸毒素引起。臨床上用抗生素來治療金葡菌所引起的種種疾病，如青霉素，頭孢，大環(huán)內(nèi)脂，氨基糖甘類，四環(huán)素類抗生素。此外，中草藥如龍牙草酚、銀杏酚、矮紫玉盤素、杜鵑素、大丁草、坡模酮酸、冬凌草甲素、厚果糖松草堿、桑呋喃A、甘草香豆酮等也應用到其中。
本文設(shè)想利用計算機輔助藥物設(shè)計程序，建立源于中藥有效成分的抗金黃色葡萄球菌的藥效團模型，并以此模型設(shè)計和合成新型的具有抗金黃色葡萄球菌作用的低副作用的抗菌劑。
1 計算方法
抗金黃色葡萄球菌藥效團的研究采用了MSI公司的Catalyst軟件包，在SGI圖形工作站上完成，主要模塊包括：View Compound Workbench，View Hypothesis Workbench，Hypothesis Generation Workbench。
1.1 化合物集結(jié)構(gòu)的構(gòu)建從文獻調(diào)研中尋找出相關(guān)的具有抗金黃色葡萄球菌活性的26個中藥有效成分(單體)，以其組成一個分子集合(見表1)，所選擇的化合物滿足的條件是個化合物具有相應的MIC值，而且這一組化合物的活性值在0.4415-100.07*10-5mol•L-1之間。分子的三維結(jié)構(gòu)在Catalyst中的View compound模塊中完成，采用Catalyst中的2D Beautify來對化合物的二維結(jié)構(gòu)進行優(yōu)化；然后利用Generate Standard 3D來調(diào)整化合物的鍵長和鍵角等參數(shù)得到更加合理的三維空間結(jié)構(gòu)；最后用3D Minimize 尋找其最低能量的三維空間構(gòu)象。也就是通過2D Beautify、Generate Standard 3D和3D Minimize等工具將構(gòu)建的所有化合物結(jié)構(gòu)進行逐個優(yōu)化。 ......
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